Online Lectures on Bioinformatics
Analysis of individual sequences
Helical wheels, amphipatic helices and coiled-coils
Jeszcze do niedawna wśród wielu badaczy panował pogląd że prawie wszystkie białka mają strukturę globularną. Skutkiem tego jest że obecnie największą wiedzę posiadamy właśnie o tych białkach, a dopiero powoli poznajemy budowę i funkcję białek strukturalnych i transbłonowych. Wiele białek strukturalnych zawiera amfipatyczne helisy, które składają się z hydrofobowych, niepolarnych aminokwasów z jednej strony helisy oraz hydrofolowych, polarnych aminokwasów po drugiej stronie helisy co w efekcie wpływa na hydrofobowość białek. Białka mogą oddziaływać ze sobą swoimi powierzchniami hydrofobowymi i w ten sposób mogą np. tworzyć pory lub kanały w błonach komórkowych. Na poniższym rysunku przedstawiono schematycznie przykład takiej amfipatycznej helisy.
Rysunek 2:Rzut z góry na śrubowato skręcony łańcuch aminokwasów. W idealnej alfa helisie na jeden pełny skręt przypada 3,6 aminkowasów. Kąty miedzy aminokwasami wynoszą ok. 100 stopni. W przypadku tego białka mamy 5 skrętów i 18 aminokwasów. http://cti.itc.Virginia.EDU/~cmg/Demo/wheel/wheelApp.html.
exercise 2
Comments are very welcome.
luz@molgen.mpg.de